EEGLABとFieldTrip

トピックス

プロフィール

最初は少し歴史があります。 EEGLABは2000年にThe Salkで誕生しました。 Arnaud DelormeとScott Makeigの研究所(La Jolla CA)。 EEGLABは Swartz Center for Computational Neuroscienceにて2002年発売 UCSD(米国カリフォルニア州La Jolla)

2003-04年 EEGLABソフトウェアアーキテクトArnaud Delormeは、FieldTripシニアライターRobert Oostenveldと協力して提供しました EEGLAB DIPFITプラグインによるEEGLABへの基本的なソースローカリゼーション MATLABコードロバートがダイポールフィッティングのために開発されました。多岐に渡るドナーズ脳研究所で書かれた他の機能, 認知, と Behavior(オランダ・ニジメゲン)、ソースコードが貢献 Robert Oostenveld に DIPFIT は、FieldTripの基礎として機能しました。 2005年ドナーズ・インスティテュートより発売パッケージの実行 MATLAB(マツワークス株式会社)

相互依存関係

EEGLABとFieldTripは、相互に依存しています。基本的なソースのためローカリゼーション、EEGLAB は DIPFIT プラグインを使用します。 FieldTrip ソースローカリゼーションルーチン。 EEGLABは、ユーザーをユーザーに提供しますいくつかのFieldTrip統計ルーチンと独自の使用の選択。 FieldTrip コードには、EEGLAB の機能も含まれます。 topoplot.mおよび独立したコンポーネントの分析を行うためのrunica.m 分解します。

EEGLABとFieldTripの開発者は、毎年、または毎年会いますフィールドと可能なコラボレーションの進行状況について議論する年 2つのソフトウェア間のまたは新しい橋。

オープンソースの精神でプログラミングは、よりコラボレーションが優れていると信じています。からの仕事多様なアプローチで経験することで、特定・特定できる問題のある信号処理の問題に対処する。

開発哲学

実際には、EEGLABとFieldTripの哲学はやや異なる:

FieldTrip は、主に上級ユーザーを対象としたものであり、グラフィックユーザーインターフェイス。対照的に、EEGLABはグラフィックユーザーを提供しますデータ探索のためのインターフェイス(GUI)とグレードのパス EEGLAB関数を使用してカスタム分析スクリプトを書く EEGLAB GUI の使い方
FieldTripは、グループデータを処理するための限られたツールを提供しています。マネージンググループデータは、ユーザーの選択に意図的に残されますユーザーが事前定義された使用を余儀なくされない合理的実験設計をモデル化するためのスキーム。対照的に、EEGLAB さまざまな統計モデルを適用するためのツールを提供し、実験データをグループ化するためのサブモデル。
FieldTrip は、可変長のデータエポックを可能にします。 EEGLABのサポート複数の連続データセグメントの処理は、変数の長さのデータ epochs の処理の FieldTrip として適用範囲が広い。歴史的に、この違いは、FieldTrip がいたので、その部分にありました動物や人間の生理学的なデータをサポートする開発分析、EEGLAB開発が分析に常に焦点を合わせているところ人間のデータ。
FieldTrip は、低レベルのパッケージソリューションを提供します。処理は隠され、変更の対象となる。そのため、数が多い頻繁に変更するFieldTrip機能はプライベートで隠されていますフォルダ。契約により、EEGLABに隠れた機能はありません。低レベルの処理機能に直接アクセスでき、これらは十分に文書化される。
一般的なFieldTripに新しい貢献を追加ドナーズセンターがサポートするパッケージ。練習では、これはそれを作る外部開発者がコード(FieldTrip)を貢献するのは難しい開発者はこれについて開いていますが。 EEGLABでは、すべての第三者 EEGLABの拡張機能(旧)として、コントリビュートが利用可能 ‘プラグイン’ 現在、120以上のEEGLAB拡張機能があります。豊富なツールボックスを含む多くの開発者から利用可能 ERPLAB、SIFT、LIMO、NFT、MoBILABなどサードパーティ開発者は、拡張機能を完全に制御します。
FieldTripをダウンロードすると、当日のコードをダウンロードしてください( 開発コードの頭)、最近追加できるバグ(将来は変化する可能性があります)。 EEGLAB コアに加えて、構造化されたパッケージの多くを残します機能を最大限に活用するために注意深く考慮され、制御されます安定性。 EEGLABのサードパーティ拡張(プラグイン)施設新しいツールの開発と出版物のための無料媒体を提供多くのグループと個人。

使用する環境は?

どちら(または両方)の環境でも選択できます。スタッフ検討:

解析スクリプトの書き込み経験が少ない場合、 EEGLABをお試しください。 EEGLABの施設と施設ドキュメントは、書き方を学ぶことであなたを導きますメニューの選択肢に基づいてスクリプトを書くこともできます。
高度なプログラマである場合、FieldTrip のネストされたデータ構造はあなたにアピールするかもしれません。 EEGLABのデータ構造は、目的はシンプルに保たれているので、初心者は圧倒されず、自分のデータについての情報にアクセスしやすいスクリプトを持っています。
処理パイプライン上で最大制御が必要な場合は、 EEGLAB を選択するには、利用可能なアクセスを提供するので、低レベルの処理機能と詳細なドキュメントがあります。また、コードが続行する確率を最大化したい場合ソフトウェアの将来の修正に取り組むためには、EEGLABは最高のオプション。
新しい関数やツールボックスにMATLABコードを公開したい場合、 EEGLABエクステンションは、あなたのコードを既知にし、より広い、容易な使用およびテストのために利用できる –から直接拡張機能をダウンロードするユーザーの EEGLAB GUI。 EEGLAB エクステンションマネージャは、ユーザーが現在の状態を維持するのに役立ちます拡張子のバージョン。
EEGLABとFieldTripの両方をMATLABパスに追加して実行できます。一緒に。一部の機能はデータ間で変換することができます EEGLAB eeglab2fieldtrip.mのような両方のツールボックスの構造 * 必須と *fieldtrip2eeglab.m 関数 - これらの関数に注意特定のデータ構造(FieldTrip)の変換に焦点を合わせるそれらのいくつかは、すべての目的関数であることを意味しません。 EEGLABはFILE-IOからデータをインポートすることもできます。 FieldTripによって保存されたMATLABファイル。注目すべき関数名があります EEGLABとFieldTripを併用するときの競合 - topoplot.m 関数は、ツールボックス(EEGLAB は、競合を処理します)に存在します。

EEGLABとFieldTripのデータ構造の変換

練習では、EEGLABとFieldTripの両方を同時に使用するのは簡単です。データ構造間で時間と前後を変換します。

FieldTrip のデータ構造を EEGLAB にインポートするには、 pop_fileio EEGLAB または fieldtrip2eeglab 関数の機能 (the 結果は、fieldtrip2eeglab コール pop_fileio と同じです。

EEG = pop_fileio(hdr, dat, events);

または

EEG = fieldtrip2eeglab(hdr, dat, events);

FieldTrip で EEGLAB のデータセットをインポートするには、EEGLAB のデータセットを読み込みます。ファイル IO インターフェイスは標準の FILE-IO インターフェイスを使用して下さいまたはFILE-IOの低レベルEEGLAB読書機能を使用して以下のようにします。

hdr = ft_read_header( EEGLABFILE );
data = ft_read_data( EEGLABFILE, 'header', hdr );
events = ft_read_event( EEGLABFILE, 'header', hdr );

従来の関数 eeglab2fieldtrip は大抵ですが存在します EEGLAB で内部で使用して EEGLAB データセットを FieldTrip に変換ソースローカリゼーション目的(DIPFIT)。使用することをお勧めしませんアプリケーションがまだ動作する可能性がありますが、機能します。

DIPFIT/FieldTripを使用した高度なソースローカリゼーションを実行

参照: ソースローカリゼーションセクションチュートリアルでは、FieldTrip関数を使用して、EEGアクティビティとICAコンポーネントをローカライズする方法について説明します。

FieldTrip スクリプトを EEGLAB プラグインメニュー項目にラップする

歴史のコラボレーションから、 EEGLAB チャネルの場所は、FieldTrip と簡単に整列できます。 EEGLAB のグラフィックインターフェースからヘッドモデルを生成し、EEGLAB のFieldTripソース再構築方法を最大限に活用できます。データセットは、ソースローカリゼーションセクションチュートリアルの。

テンプレートを作成しましたエルプソース EEGLAB プラグインは、EEGLAB データを入力して実行します。標準のFieldTrip BEMモデルによるコアギストレーション、eLoretaを適用 ERP分析(前述に基づく) セクション). 私たちは、このテンプレートは、あなたが作成するいくつかのあなたによって変更することができると信じています他のプラグイン。

EEGLABとFieldTripの長期持続性は、先進的なMEEGのためのコミュニティによる新しい方法の貢献処理。 FieldTrip コードを EEGLAB プラグインとして利用できるようにする (現在120以上のプラグイン)が表示されるので、 EEGLABコミュニティ

このプラグインを投稿することができますこちらそして、承認されると、EEGLABユーザー全員が瞬時に見えるようになります。 EEGLAB のグラフィックインターフェース(EEGLAB による)に直接使用可能 2019年のMixpanelの統計量、150,000〜200,000 EEGLABセッション毎月約1万～2万のユニークユーザーからスタート。プラグインダウンロード数でランク付けされ、評価/コメントもあります。各プラグインのシステム四半期EEGLABニュースレターが送信されました 15,000 研究者は、新しいプラグインの要求をそれらから提供しています著者。

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