pop_nsg GUI からジョブの作成と管理

このチュートリアルでは、プラグインnsgportalを使用して、EEGLABからNSGジョブの作成と管理を処理します。具体的には、チュートリアルでは、これらのタスクを pop_nsg GUI から実行することに焦点を当てます。チュートリアル全体で、プラグインファイルで配布されたサンプルジョブを使用します。以前はセクションで使われていました。 ※オープンEEGLABポータル利用*.

チュートリアルを開始するには、Tools> NSGツール>をクリックして、pop_nsg GUIを起動します。 NSGジョブの管理 下の図のように:

下記のGUIがポップアップ表示されます。 GUIは、pop_nsg を入力することでMATLABコマンドウィンドウから呼び出すこともできます。

NSGにジョブを送信

pop_nsg GUI からジョブを送信するためには、GUI セクションに移動します新しい NSG ジョブを省略し、ボタンBrowse…をクリックします。ウィンドウは、開くファイルの種類、zipファイル、フォルダを要求するポップアップ表示されます。このチュートリアルに従うには、Zipファイル*を選択し、フォルダ…/nsgportal/demos/demo_jobs/に移動し、zipファイルTestingEEGLABNSG.zip*を選択します。このデモではzipファイルオプションを使用しますが、ジョブファイルを含むフォルダは同様に選択できます。 ‘job’ ファイルは、計算と MATLAB スクリプト (.m) で実行するデータから構成する必要があります。 MATLAB や EEGLAB に所属していない関数がスクリプトに使われている場合は、ファイルにも追加する必要があります。

ジョブファイルを選択すると、ジョブzip ファイルの .m ファイルの一覧が、Matlab スクリプトの実行リストに表示されます。ここから、NSGで実行しなければならないファイルを選択します。このチュートリアルでは、「run_ica_nsg.m」を選択します。編集のお知らせジョブIDがジョブに割り当てられたJob ID(デフォルトまたはカスタム)。このジョブ ID は、NSG に提供されている一意の ID です。デフォルトのジョブ ID は、ジョブファイル名とランダム番号の組み合わせです。ユーザーがこのフィールドを変更し、より有意義な名前を設定することをお勧めします。リコールは一意のIDなので、以前使用していたIDは使用していません! このチュートリアルでは、nsgtutorial* としてジョブを識別します。

追加オプションは、NSG で割り当てられた実行時間など、編集 NSG 実行オプション で定義できます。このチュートリアルでは、オプションを入力すると、実行時間 0.5 Hrs に設定します。ジョブファイルへのパスの例外では、チュートリアルのこの時点でのGUIは以下のようになります。

このボタンをクリックすると、NSG**でジョブをNSGに送信できます。しかし、まだこれを行うことはありません! ジョブの投稿を前にテストしたいですか?

ローカルで仕事をテストする

NSGに提出する前に、コンピュータ上でローカルでジョブをテストすることができます。このためには、ジョブのダウンスケールバージョンを使用する必要があります(それ以外の場合は、HPCを使用する目的を欺きます)。例えば、NSGジョブがループを複数回実行すると、ローカルテストではループの1つの反復のみを実行できます。このテストの目的は、NSGで実行したいスクリプトをチェックすることです。ダウンスケーリングは、実行するスクリプトの能力に影響を与えるべきではありません。このチュートリアルでは、NSG で実行されるものと同様のスクリプト(‘run_ica_nsg_downscaled.m‘)を使用しますが、実際には ICA を計算することなく。このためには、を実行するためにMatlabスクリプトの下に’run_ica_nsg_downscaled.m‘を選択し、ボタンTestジョブをローカルをクリックします。スクリプトは問題なく実行するために数秒しかかかりません。仕事の提出に必要な要件ではなく、仕事の自己評価のためのツールです。

テストが完了すると、Matlabスクリプトで選択したスクリプトを戻して、以前のセクションで定義されたスクリプトにを実行し、NSGにジョブを送信できます。ジョブの送信が成功すると、以前に割り当てられたジョブ ID は、NSG の資格情報の下にあるジョブのリストに表示されます。同時に、ジョブのステータスがNSGジョブステータスに表示されます。

ジョブの状態を定期的に確認する

ジョブが送信されると(NSGジョブステータス参照)、pop_nsg にリスト上のジョブのステータスを定期的に確認することができます。そのためには、チェックボックスAuto-refreshジョブリストを確認してください。 MATLABコマンドウィンドウでジョブステータスのメッセージが発行されます。必要に応じて、このオプションをチェックアウトできない場合があります。

仕事情報の取得: 中間メッセージ、ファイル、エラーログ

NSG MATLABセッションで発行された中間メッセージは、pop_nsgから確認できます。この情報を取得するには、ボタンMatlabの出力ログをクリックします。 MATLABブラウザで情報が表示されます。同じボタンは、pop_nsg で選択したジョブの処理に対応する MATLAB ログを取得するために、処理の終了時に使用できます。ジョブの処理中にエラーが起こった場合、ジョブリストのジョブのフォントの色が変更されます(MatlabエラーやNSGエラーのオレンジの場合)。ボタンMatlabエラーログが有効になります。

結果の取得と読み込み

完了したら、ボタンをクリックすることで結果をダウンロードしてください*仕事の結果をダウンロードしてください。コマンドウィンドウに以下のようなメッセージが表示されます。ダウンロードした結果ファイルの一覧は、行2〜12で見ることができます。提出されたファイルと結果は両方ともダウンロードしたファイルです。 *pop_nsginfo で定義されたパスに保存されます。

>> Accessing job: "https://nsgr.sdsc.edu:8443/cipresrest/v1/job/ramonmc/NGBW-JOB-EEGLAB_TG-87B63F47681545A482D010776408F82D/output/33777" on NSG..../TestingEEGLABNSG/
>> ./TestingEEGLABNSG/IC_scalp_maps.jpg
>> ./TestingEEGLABNSG/eeglab_data_epochs_ica.set
>> ./TestingEEGLABNSG/run_ica_nsg.m
>> ./TestingEEGLABNSG/eeglab_data_ICA_output.set
>> ./TestingEEGLABNSG/run_ica_jader_nsg.m
>> ./TestingEEGLABNSG/eeglab_data_ICA_output.fdt
>> ./TestingEEGLABNSG/eeglab_data_epochs_ica.fdt
>> ./scheduler_stderr.txt
>> ./scheduler_stdout.txt
>> ./stderr.txt
>> ./stdout.txt
>> Done.
>> File downloaded and decompressed in the
>> output folder specified in the settings
>> 1  >> Accessing job: "https://nsgr.sdsc.edu:8443/cipresrest/v1/job/ramonmc/NGBW-JOB-EEGLAB_TG-87B63F47681545A482D010776408F82D" on NSG...Done.
>> Accessing jobs on NSG...Done

pop_nsg GUI から、NSG ジョブの結果として生成される、EEG ファイルと広範囲の画像フォーマットを読み込みます。ボタンでクリックしますLoad/plot結果。次のファイルエクスプローラは、選択したジョブ結果がダウンロードされたものである現在のパスでポップアップ表示されます。

このファイルエクスプローラから、(クリックして)フォルダに移動します TestingEEGLABNSG 結果ファイルをacces. その後、ファイルIC_scalp_maps.jpgを選択し、ボタンLoad/plotをクリックします。下の図がポップアップ表示されます。この図は、実際にNSG ジョブ結果の一部として生成された (スクリプト run_ica_nsg.m を参照)。

同様に、.set ファイルがこのインターフェイスから選択して読み込むことができます。

仕事の削除

結果を取得すると、ジョブリストのジョブを選択し、ボタンをクリックすることでジョブを削除してくださいこのNSGジョブを削除。その後、ジョブIDはインターフェイスから削除されます。