プラグインソースコードを表示するには、プラグインのコードをご覧ください GitHubリポジトリ.
MATLABツールボックスとNeuroelectromagneticフォワードヘッドモデリング用のEEGLABプラグイン
NFTとは?
Neuroelectromagnetic Forward Modeling Toolbox (NFT)は、利用可能なデータ(MRIおよび/または電極位置)から現実的な頭部モデルを生成し、電磁ソースイメージングのフォワード問題を数値的に解くためのMATLABツールボックスです(Zeynep Akalin Acar & S. Makeig, 2010)。NFTには、T1強調MR画像から頭皮、頭蓋骨、脳脊髄液(CSF)、脳組織をセグメンテーションするツールが含まれています。フォワード問題の数値解法には境界要素法(BEM)を使用します。セグメンテーションされた組織ボリュームを抽出した後、表面BEMメッシュを生成できます。被験者のMR画像が利用できない場合は、標準テンプレートBEMメッシュを3D計測された電極座標へワープし、個別化されたBEM頭部モデルを作成できます。ツールボックス関数は、EEGLAB (sccn.ucsd.edu/eeglab)と互換性のあるGUI、またはMATLABコマンドラインから呼び出せます。関数ヘルプメッセージとユーザーチュートリアルも含まれています。このツールボックスは、GNU Public Licenseに基づき、非商用利用およびオープンソース開発に自由に利用できます。
なぜNFT?
NFT はオープンソースライセンスで公開され、研究者が許可する 利益のために仕事に貢献し、改善するために 神経科学コミュニティ。 高度なヘッドモデリングと 問題解決方法および導入を容易に進めて下さい ツールボックスを使うと、NFT は EEGLAB を補完します。 積極的な開発。 組み合わせて、NFT と EEGLAB は、自由に利用できる EEG を形成します (そして将来的に、MEG) の源のイメージ投射の解決。
ツールボックスは、現実的なヘッドモデリングの主要な側面を実装し、 利用できる被験者情報からの進む問題の解決:
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T1級の区分 MRイメージ: 優先方法 リアルなヘッドモデルを生成し、3D全ヘッドを使用する 被験者のヘッドの構造 MR イメージ。 ツールボックスは生成できます 頭皮、頭皮、CSF、脳組織のセグメンテーション T1級画像。
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高品質 BEMの網: BEMソリューションの精度は、 モデル組織の根底メッシュの品質 導電変化の境界。 数値的な不安定性を避けるため、 メッシュは自己断裁なしで局所的に正しい必要があります。 高品質の要素を使用して表面を表現する必要がありますが、 要素数をできるだけ小さく保ちます。 NFTはできます ヘッドから高品質のリニア表面BEMメッシュを作成する セグメント化。
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テンプレートヘッドモデルのワーピング: 被験者の全頭部構造MR画像が利用できない場合、標準テンプレートBEMメッシュをデジタル化された電極座標へワープすることで、半現実的な頭部モデルを生成できます(その逆ではありません)。
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BEMの網が付いている電極の位置の登録: デジタル化 電極の位置と BEM メッシュを計算するために整列する必要があります。 正確な前方問題の解決およびリード フィールドのマトリックス。
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正確な高性能の進む問題の解決: NFT は、 高性能 オープンソース METU-FP による BEM 実装 バイオ電磁分野計算ツールキット。
必要なリソース
MATLAB 7.0 以降は、任意のオペレーティングシステム (Linux、Windows) の下で動作します。 大量のRAMが便利です - 少なくとも2 GB(4-8 GB推奨) 現実的なヘッド モデルの前進問題の解決。 MATLABイメージ 処理ツールボックスもお勧めです。
次の3rdパーティプログラムの事前コンパイルされたバイナリが配布されます NFT ツールボックス内でユーザの説得力があります。 バイナリはコンパイルされます 32ビットと64ビットLinuxディストリビューション
これらのプログラムはすべて、オープンソースライセンスを持ち、完全なソースコードを提供します。 各プログラムのホームページをご覧ください。 ソースコードとライセンス情報。
ASC: アダプティブ・スケルトン・クライミング ホームページ: http://www.cse.cuhk.edu.hk/~ttwong/papers/asc/asc.html
QSLIM:Quadricベースの表面の簡素化 ホームページ: http://mgarland.org/software/qslim.html
BEM_MATRIX: METU-FPツールキット ホームページ: http://www.eee.metu.edu.tr/metu-fp/
PROCMESH:網の訂正および処理。 サイトマップ ソースコードについては、NFT開発者にお問い合わせください。
マットラボとITK ホームページ: http://www.sfu.ca/~vwchu/matitk.html
Note: MATITK 共有ライブラリは ‘mfiles’ ディレクトリにインストールされます。
ダウンロード
NFTをダウンロードするには、EEGLABプラグインマネージャを使用します。
NFT ユーザーマニュアル
詳細については、チュートリアルセクションを参照してください。 NFTユーザーマニュアルをPDFブックとしてダウンロードするにはここをクリック
作成と文書による:Zeynep Akalin Acar、[email protected]
サポート: Yayha Shirazi、[email protected]からの限定サポートは利用できます
NFTの特長 参照の論文
Zeynep Akalin Acar&Scott Makeig, [Neuroelectromagnetic] - Zeynep Akalin Acar & Scott Makeig フォワードヘッド モデリングツールボックスhttp://sccn.ucsd.edu/%7Escott/pdf/Zeynep_NFT_Toolbox10.pdf). 神経科学研究, 2010