EEGLABのコンパイルバージョン

EEGLABは、Mac、Windows、Ubuntu、Ubuntuなどのコンパイルされたバイナリとして存在します。 EEGLABダウンロードページでダウンロードできます。 EEGLABのコンパイル版をインストールする方法は次のとおりです。

インストール

MACバージョンをインストールする手順は次のとおりです。 Windows版は同じ手順に従います(ただし、これはMAC版に焦点を合わせる理由です)。 アーカイブを解凍し、インストーラを実行します。

• EEGLABコンパイル版のZIPファイルをダウンロード ダウンロードページ そして、 それを解凍して下さい
• zipファイルを解凍し、インストールファイルを実行します。
• 何らかの理由でインストールプロセスが失敗した場合は、管理者として実行する必要があります。

次の画面がポップアップ表示されます。

次回のプレス 次の3つの画面で、次の3つの画面で次のいずれかを押します。 デフォルトパスを変更しないでください。

MACのみ. インストールが完了すると、次のメッセージが表示されます。 *メッセージを受信できる * 必須

代わりに、インストールした EEGLAB バージョンに移動し、 MAC の [EEGLAB_verbose] または [*EEGLAB.exe] を Windows で選択します。 MACでEEGLAB.app**をクリックしないでください。コマンドプロンプトがないので、上記のパスを設定しない限り、EEGLABは起動しません(無視すべき部分)。 パスの設定は可能ですが、簡単です。 また、MACでは、コマンド “./run_EEGLAB.sh /Applications/MATLAB/MATLAB_Runtime/R2024a/” (MATLABのランタイムバージョンは、EEGLABをコンパイルするために使用されるものと一致し、EEGLABで自動的にインストールする必要があります。 見つけられない場合 詳しくはこちら).

EEGLABの開始まで約1分かかります。

トラブルシューティング

MACとWindowsの両方で、EEGLABを管理者として実行して、いくつかのフォルダにアクセスする必要があります。

MAC OSXでは、お使いのオペレーティングシステムが古いというメッセージが表示されているため、コンパイル済みのEEGLABバージョンの古いバージョンを試してみる必要があります。

問題に遭遇し、解決方法を教えてください。

コンパイルされたバージョンでコードとスクリプトを実行する

スクリプトはコンパイルされたバージョンの EEGLAB GUI から実行できます。 MATLAB と EEGLAB のすべての機能を使用できるが、関数とサブスクリプトは使用できません。 別のスクリプトを呼び出すスクリプトがある場合は、両方のスクリプトを単一のスクリプトに結合する必要があります。 ユーザ定義関数を呼び出す場合は、この関数をスクリプトに変換し、スクリプト内のコードを含める必要があります。 以下のメニューはスクリプトを実行するために使用できます。

スクリプトとコードスニペットもコマンドラインから実行できます。 以下は、Windows のコマンドラインから例です。 同じことは、EEGLAB_verbose 実行可能を使用して MAC で行われる場合があります。 Windows では DOS コマンドラインで EEGLAB を含むフォルダーに移動します。 exe ファイルとタイプ:

.\EEGLAB.exe "disp('hello world');"

以下は出力です。

MATLAB と EEGLAB コードを含むスクリプトを書くこともできます。 たとえば、ファイルscript.mで同じテキスト “disp(‘hello world’);” を保存し、タイプします。

.\EEGLAB.exe ".\script.m"

以下は出力です。

もちろん、上記の「hello world」の例を実行すると、特に興味深いものではありません。 代わりに、チュートリアルセクションで提供される EEGLAB スクリプトを実行したい場合があります。

EEGLABのコンパイルとMATLABバージョンの類似性

• 両方のバージョンのグラフィカルインターフェイスは同じです
• EEGLAB のグラフィックインターフェイスには何もありません。 EEGLABのコンパイル版では不可能なMATLAB。 すべてのプラグインと、添付されているすべての外部モジュールを使用 EEGLAB に、スクリプトを保存し、MATLAB スクリプトを実行します。

コンパイルされたバージョンを使用することができないもの

• 新しいプラグインを追加したり、サードパーティをインストールしたりすることはできません プラグイン。 そのためには、EEGLABは、 追加プラグイン。
• スクリプトを使用する場合は、外部カスタムMATLABを使用できません。 関数または新しい関数を定義する
• スクリプトを使用する場合は、可能な MATLAB コマンドの範囲は MATLABコアコマンド、すべてのEEGLABコマンド、および数に限ります。 シグナル処理、統計、および 最適化ツールボックス(コンパイル時に含まれているコマンド) コード)。
• EEGLABソースコードの変更はできません。

よくある質問

• EEGLAB でコンパイルした MATLAB スクリプトの一部を実行できます。 バージョン? はい、標準 MATLAB 関数や EEGLAB を使用する限り 関数。

• コンパイルされたコードはコンパイルされていないコードよりも速くなりますか? いいえ、MATLABのランタイムエンジンが解釈するのと同じ速度です。
• MATLABを所有していないので、法的ですか? はい、それは完全に法的です。 MATLABの海賊版版を運営することは違法ですが、 MATLABのランタイムエンジンを配布し、コンパイルする完全法的 MATLABコード。
• このプログラムを私のような商用アプリケーションに使用することができる プライベート臨床練習? EEGLABは、臨床ソフトウェアパッケージではなく、研究ソフトウェアパッケージです。 プログラムは保証無しでできるだけ早く提供されます どんな種類の。 EEGLABコアコードは BSD でリリースされますが、 商用利用が可能な2.0ライセンス、プラグインの一部 コンパイルされたバージョンに含まれていない(プラグインを含む) ソースの再構築など。
• トラブルシューティング! バグ報告を投稿することを躊躇しないでください EEGLAB GitHubの問題トラッカー EEGLABのコンパイルされたバージョンを実行している問題が発生した場合。

コンパイルされたバージョンの完全性を確認する方法

MATLABとコンパイルされたEEGLABバージョンのほとんどの違い 外部データファイルが処理されるため発生する。 わたしたちの想い コンパイルされたバージョンの完全性をチェックする(可能ではない) このプロセスを自動化します。 スクリプトを実行できます test_compiled_version.m フォルダ関数/support_files (you) データファイルへのパスを変更する場合があります。 テストのために、私達は使用します スタンスチュディ (0.9 Gb)。 パソコン上のデータをダウンロードしてください。

1. EEGLABを始める
2. オプションを編集し、それらを変更します。オプションに戻り、オプションを確かめる 変更しました
3. 連続したチュートリアルデータセット「eeglab_data.set」をロードします。 電極を調べ、クリーンな生データを実行、実行 ICA、IClabelを実行
4. Dipfitを使用してICAコンポーネントのソースローカリゼーションを実行
5. Plot 3-D 共同登録後のERP
6. Stern の調査、プレコンプト ERPs をロードし、それらをプロットします。 統計を使ってみてください。
7. ヘルプメニューが機能していることを確認してください

上記のチェックをすべてチェックすると、コンパイルされた EEGLAB バージョンが 確認されたとみなされます。 Windowsでバージョンを別々にチェックします。 Unix/MacOS. リリース

EEGLABを自分でコンパイルできますか?

EEGLAB コンパイルは通常、 “eeglab.prj” ファイルの開き (in) で構成されます。 MATLAB Compiler Graphical App を使用したルート EEGLAB フォルダー) packageボタンを押します。 しかし、いくつかの問題があるかもしれません それはあなたのシステムで固定を要求します。 詳細は下記をご覧ください。

手動コンパイルノート

1. デフォルトプラグインで EEGLAB をクローンする

git clone --recurse-submodules https://github.com/sccn/eeglab.git

1. 追加のプラグインをインストールします(すでにインストールされたプラグインは、 スキップします。 プラグインのclean_rawdataからいくつかのフォルダ フィールドヒント コンパイルの問題を避けるために削除されます。 GITバージョンのFieldTripは使用しないでください。 は200Mbの代わりに1.5Gbをリリースするからです。 代わりに最新のプラグインを取得します。 利用する プラグインをインストールし、これらのフォルダを削除します。

eeglab  % restart the fleshly installed eeglab

% Installing plugins
plugin_askinstall('ANTeepimport', 'eegplugin_eepimport', true);
plugin_askinstall(' Fieldtrip-lite', 'ft_defaults', true);
plugin_askinstall('Fileio', 'ft_read_data', true);
plugin_askinstall('IClabel', 'eegplugin_iclabel', true);
plugin_askinstall('PICARD', 'picard', true);
plugin_askinstall('vised', 'vised', true);
plugin_askinstall('bids-matlab-tools', 'bids_export', true);
plugin_askinstall('bids-validator', 'pop_validatebids', true);
plugin_askinstall('bva-io', 'eegplugin_bva_io', true);
plugin_askinstall('clean_rawdata', 'eegplugin_clean_rawdata', true);
plugin_askinstall('dipfit', 'eegplugin_dipfit', true);
plugin_askinstall('egilegacy', 'eegplugin_egilegacy', true);
plugin_askinstall('firfilt', 'eegplugin_firfilt', true);
plugin_askinstall('iirfilt', 'eegplugin_iirfilt', true);
plugin_askinstall('musedirect', 'eegplugin_musedirect', true);
plugin_askinstall('musemonitor', 'eegplugin_musemonitor', true);
plugin_askinstall('neuroscanio', 'eegplugin_neuroscanio', true);
plugin_askinstall('xdfimport', 'eegplugin_xdfimport', true);
plugin_askinstall('mffmatlabio', 'pop_mffimport', true);
plugin_askinstall('scd', 'eegplugin_scd', true);
plugin_askinstall('snapmaster', 'eegplugin_snapmaster', true);
plugin_askinstall('biosig', 'sread', true);

% Removing clean_rawdata files
% For clean_rawdata, remove folder manopt/reference/m2html.
CleanRawData_folder = fileparts(which('clean_rawdata.m'));
rmdir(fullfile(CleanRawData_folder,'manopt','reference','m2html'), 's');
rmdir(fullfile(CleanRawData_folder,'manopt','tests'), 's');

% Removing ICLabel files
iclabel_folder = fileparts(which('iclabel.m'));
% rmdir(fullfile(iclabel_folder,'matconvnet','examples'), 's'); % not there any more?

% Removing FieldTrip files
% For FieldTrip remove folders compat, external/afni, external/spm8, external/spm12, external/gifti, external/eeglab, external/bemcp and external/npmk
FieldTrip_folder = fileparts(which('ft_defaults.m'));
rmdir(fullfile(FieldTrip_folder,'compat'), 's');
rmdir(fullfile(FieldTrip_folder,'external','afni'), 's');
rmdir(fullfile(FieldTrip_folder,'external','spm8'), 's');
rmdir(fullfile(FieldTrip_folder,'external','spm12'), 's');
rmdir(fullfile(FieldTrip_folder,'external','gifti'), 's');
rmdir(fullfile(FieldTrip_folder,'external','eeglab'), 's');
rmdir(fullfile(FieldTrip_folder,'external','bemcp'), 's');
rmdir(fullfile(FieldTrip_folder,'external','npmk'), 's');
rmdir(fullfile(FieldTrip_folder,'external','signal'), 's');
rmdir(fullfile(FieldTrip_folder,'external','mffmatlabio'), 's');
rmdir(fullfile(FieldTrip_folder,'external','egi_mff_v2'), 's');

1. オプション: eeglab.m ファイルを編集し、EEGLAB (line 900) のコンパイルされたバージョンに新しいプラグインを追加します。

2. Matlabエディタで「eeglab.prj」ファイルを開きます。 プラグインのパスを確認します。 新しいバージョンが利用可能な場合は、eeglab.prj ファイルのバージョンの名前を変更します。

3. EEGLAB バージョンを eeg_getversion.m に変更します。 eeglab.prj ファイルのと

4. アプリケーションコンパイラ(Matlabタブ「Apps」とボタンを開きます。 「アプリケーションコンパイラ」を開き、「eeglab.prj」ファイルを開きます。 十字板のコイルのためのパスを増加させるためのITとして、アプリケーション・コンパイラでプロジェクトを残さない。

5. クラスのエラーがある場合(そしてそこにある)、以下のコマンドを使用してください。 依存関係をチェックする際にはクラスエラーが発生しますが、EEGLABはとにかくコンパイルします。 コマンドラインで、タイプ

setenv('MCC_USE_DEPFUN','1')

1. ファイルが EEGLAB_verbose に MATLAB の正しいバージョンがリストされていることを確認し、バージョン番号を変更します。

2. Windows. Macファイルを削除し、コマンドラインオプションを確認し、「パッケージ」を押して待機します(通常10分以上)

3. MAC. Windowsファイル(EEGBIDS.bat)を削除し、「パッケージ」を押して待つ(通常30分)

4. 成功すると、3つのフォルダが作成されます。 コンパイルされたテストをすることができます “for_testing” フォルダ内のプログラムを実行して EEGLAB バージョン。

5. コンパイルされたバージョンをテストして、潜在的なランタイムエラーを確認します(メモを参照してください) テスト 詳しくはこちら). MacとOSXでは./run_eeglab.sh MATLAB_PATHを使用します。

既知の問題: コンパイルされたバージョンのドキュメントをチェックする

既知のエラー: ANT プラグイン (ASR のテストファイルが存在する) に含まれていない mex ファイル

1. 「再配布フォルダ」を配布

将来の包含のために選択したプラグイン

将来のインクルージョンを選択するが、テストが必要です。 プラグインがある場合 プラグインとテストを組み合わせて試してみてください。 コンパイルされた EEGLAB バージョンのプラグイン。 機能的であれば、電子メール eeglab_at_sccn.ucsd.edu で、プラグインはプラグインに含まれています。 次のリリース。

新しいプラグインの追加

• ダウンロードまたはクローンプラグイン
• eeglab に追加します。 m 点
• コンパイラ
• このページを更新(リクエストのプルを作成する)